总体部
........................................................................................................
........................................................................................................
软件基础研究部
——基础软件与系统重点实验室（计算机科学国家重点实验室）
——量子软件研究室
——并行软件与计算科学实验室
——可信计算与信息保障实验室
........................................................................................................
........................................................................................................
软件高技术研究部
——基础软件国家工程研究中心
——中文信息处理实验室
——软件工程技术研究开发中心
——人机交互技术与智能信息处理实验室
——智能博弈重点实验室（原互联网软件技术实验室）
——智能软件研究中心
——时空数据管理与数据科学研究中心
——基础软件测评实验室
........................................................................................................
........................................................................................................
软件应用研究部
——天基综合信息系统全国重点实验室
........................................................................................................
........................................................................................................
软件开展研究部
——协同创新中心
——集成创新中心
